A Marburg vírus pontos eredete még nem ismert. Jelenleg úgy vélik, hogy a felelősségteljes betegség egy zoonózis lehet, amelyet az afrikai kontinens egy vagy több őshonos állata tart fenn. Az eddigi kutatások azonban nem tették lehetővé a betegség természetes tározójának azonosítását, bár számos gerinces és ízeltlábú elemet elemeztek.
Az Egészségügyi Világszervezet szerint az emberek nem tartoznak a vírus természetes ciklusába, így a fertőzés alapvetően egy másik fertőzött főemlettel való alkalmi kapcsolatból származna . Valójában a majmok egyes fajtáin keresztül történő továbbítást dokumentálták, valószínűleg a Marburg vírus "erősítő gazdaszervezetének" tekintve. Ezen túlmenően néhány bizonyíték arra utal, hogy a főemlősök a denevérek kitettségével fertőzhetők.
