Az afrikai trippanoszomiasis diagnózisát minden olyan személynél figyelembe kell venni, akik Afrika olyan területein tartózkodtak, amelyekről úgy vélik, hogy a betegség veszélyeztetett.
Az alvási betegség első szakaszát nehéz diagnosztizálni, mivel nem specifikus tüneteket okoz, mint például láz és gyengeség. A tripanoszomák közvetlen azonosítására alkalmazott módszerek közé tartozik a vérminták (mikroszkópos vagy vastag csepp) vagy nyirokcsomó-aspiráció fénymikroszkópos vizsgálata. Más nemspecifikus laboratóriumi eredmények pancytopeniát, fokozott VES-t és PCR-t és emelkedett IgM-szinteket mutatnak.
Amikor a parazita behatol a központi idegrendszerbe, és a betegek neurológiai és pszichiátriai tüneteket (rossz motoros koordináció, dezorientáció, görcsök és alvászavarok) mutatnak ki, a diagnosztikai vizsgálathoz cerebrospinális folyadék mintáját kell elemezni. A folyadék vizsgálata lehetővé teszi a trippanoszómák izolálását és a limfociták, a teljes fehérjék magas szintjének, az IgM és a jellemző Mott sejtek (immunoglobulinokat tartalmazó citoplazmatikus vakuolok plazmasejtjeinek) jelentős növekedését.
