Használat során a kontaktlencsék érintkezésbe kerülnek a könnyfilmet alkotó különböző anyagokkal, beleértve a fehérjéket (lizozim, albuminok, mukopoliszulfidok, fibronektin stb.). Idővel ezek a lencsék felületéhez tapadnak, és denaturálódhatnak, csökkentve a páratartalom és a hidrofilitás mértékét. Ezáltal ezek az eszközök kevésbé kényelmesek, mint amennyire kell lennie, valamint atópiás reakciókat okozhatnak, mint például a papilláris kötőhártya-gyulladás és a szempír . Továbbá, a lencsékhez tapasztalt fehérjék olyan apró foltokat hoznak létre, amelyek elmosódnak .
A protein lerakódások eltávolítása a lencsékből ezért fontos tisztítószerekkel és proteolitikus enzimtermékekkel rendszeresen tisztítani. Ezek a megoldások képesek megszakítani a (még nem denaturált) fehérje-molekulák közötti kötéseket, amelyek így ki lehet öblíteni a lencséről.
Egyik lehetőség az eldobható kontaktlencsék használata is: ezek valójában megváltoztatódnak és eldobnak, ha egyszer használják őket, mielőtt a fehérjeanyag következetes felhalmozódása megtörténhet.
