Bár ma már nyilvánvalónak tűnik, nyilvánvaló, hogy az évezredek során az ember figyelmen kívül hagyta azt a tényt, hogy a mikroszkópos szervezetek bizonyos betegségeket okoztak.
1600-ig az úgynevezett spontán generáció elméletének tekinthető érvényesnek, amely szerint egyes szervezetek spontán módon nem élő anyagból keletkezhetnek. A klasszikus példa erre a lárvák, akikről úgy vélik, hogy semmitől nem lehet egy darab bomló húsból előállítani.
Az első, amely érvénytelenítette ezt az elméletet, Francesco Redi, a Toszkána nagyhercegének személyes orvosa. A Redi két darab friss húst két külön tartályba tett, így az első nyitva marad, és megvédi a másodikat retinával. Néhány nap elteltével észrevette, hogy csak a nyitott konténer mászik a lárvákkal. Ezért Redi megmutatta, hogy a lárvák semmitől nem keletkeznek, hanem a legyek által készített tojásokból származnak.
A mikroorganizmusok létezése csak a tizennyolcadik században kezdett beszélni, köszönhetően a Modenese Lazzaro Spallanzani tanulmányainak, akik először az orvosi szakirodalomban megjelentek és bevezették a "csíra" kifejezést. Azonban a baktériumok felfedezése az, hogy Antony Leeuwenhoek (1632-1723), a textilkereskedő mikroszkóppal szenved.
Leeuwenhoek megfigyelte, hogy a fogak fogmosása után "élő lények" voltak jelen a fogkőbetétekben. Ezt a felfedezést az optikai mikroszkóp optimalizálása tette lehetővé, amelyet Leeuwenhoek maga épített, és amely később tovább javult.
A modern mikroszkóp megjelenése azonban új kérdéseket nyitott meg a spontán generáció elméletével kapcsolatban. Az első megfigyelések alapján úgy tűnt, hogy egy szerves anyag levegőnek való egyszerű expozíciója rövid idő alatt vezetett a baktériumok fejlődéséhez a felületén.
A francia biológus, Louis Pasteur beavatkozott, hogy tagadja a spontán mikrobiális generáció hipotézisét. A Pasteur főtt egy lombikot egy hosszú nyakú üvegpalackban, amely egy speciális S-alakú csőrrel van ellátva, hogy megakadályozza a por (és baktériumok) belépését. Pasteur észrevette, hogy ezeknek az eszközöknek köszönhetően nem keletkeztek baktériumok a húslevesben, és ezért a baktériumok nem spontán keletkeznek.
