A hivatalos gyógyszerkönyvben általános értékelési módszerek vannak, mind kémiai, mind biológiai szempontból. A farmakognózis azonban sokkal kifinomultabb módszereket, például spektroszkópiai és kromatográfiás módszereket is alkalmaz.
A gyógyszerek minőségének kémiai szempontból történő értékelése jelentősen elemzi az alkalmazott eszközök analitikai kapacitását; más szóval, a hatóanyagot a benne lévő hatóanyagok mennyisége és minősége alapján értékelik, amelyek elemző szempontból meghatározóak a rendkívül pontos kromatográfiás eszközöknek köszönhetően. Ezen kromatográfiás technikák között megtalálható: gázkromatográfia, tömeggáz, HPLC (folyadékkromatográfia oszlopon), ioncserélő kromatográfia és lemezkromatográfia (TLC, HPTLC). Mindezek a módszerek használják a kromatográfiás elvet a fitokomplexben jelen lévő kémiai anyagok kvalitatív-kvantitatív értékelésében. Ezért ezek a műszerek lehetővé teszik számunkra, hogy a hatóanyagot fitokomplexként értékeljük, az egyes kémiai osztályok mennyiségét és minőségét, azok arányát és a jellemző hatóanyag mennyiségét.
A fitokomplex értékeléséhez fontos, hogy az extrakcióhoz a legmegfelelőbb stratégiákat fogadjuk el, mivel nincs olyan analitikai módszer, amely előtt nem végeztek extrakciót. Az extrakciók szükségesek ahhoz, hogy a technikai-farmakognosztáció a gyógyszert értékelje, vagy esetleg a gyógyszer felhasználásának olyan elemeit kapja, amelyek közvetlenül a tercier szektorba helyezhetők. Az extrakciós módszerek lehetővé teszik azoknak a hatóanyag-kategóriáknak a megszerzését, amelyek fontosak a gyógyszer minőségi osztályozásában, vagy egy vagy több olyan kategória szelektív kivonására, amelyek tevékenységének kifejeződését tekintik.
A hatóanyagok általában glikozidok, alkaloidok, terpének, antrakinonok molekulái; minden másodlagos metabolit, amely a szervezet relációs biológiáját fejezi ki; vannak olyan molekulák is, amelyek az elsődleges anyagcseréjéből származnak, mint például szénhidrátok (keményítő és származékai, cellulóz és származékai), fehérjék és különösen proteolitikus enzimek (papain vagy bromelain).
A hatóanyagok hatóanyagból történő extrahálásának megkezdése előtt figyelembe kell venni az utóbbiak kémiai-fizikai jellemzését; más szóval, mielőtt egy hatóanyagot extrahálnánk, szükséges a polaritás szempontjából jól ismert kémiai jellege, mivel az extrakciós folyamat lényegében a megfelelő oldószer és a gyógyszer társítása. Ez az oldószer, amely kémiailag hasonlít a kivonandó elvhez, szelektíven eltávolítja azt a fennmaradó fitokomplexből; minél jobban hangsúlyozza a kémiai affinitást, annál jobb lesz az extrakció ("a hasonlók hasonlóak"). Ezért elengedhetetlen a fitokémiai szempontból a kivonandó elv, hogy az oldószert vagy az oldószerelegyet jobban hozzákapcsoljuk.
