A gyomor tartalmának erős savassága miatt a gyomor különösen ellenséges környezetet biztosít a vírusok és a baktériumok számára. Csak egy faj, a Helicobacter pylori sikerül stabilan túlélni és kolonizálni az emberi gyomornyálkahártyát. A maradék mikroorganizmusok többsége gyorsan elpusztul néhány percen belül.
Számos in vitro vizsgálat kimutatta, hogy a széles és hatékony baktericid hatás érdekében a pH-értéknek különösen alacsonynak kell lennie. Pontosabban, a 2, 0-es vagy annál kisebb pH-érték általában megöli az összes baktériumot; ugyanakkor a savas gyomorban csak savas éhgyomorra jelentkezik hasonló savasság, míg az étkezés után az élelmiszer jelenléte (a fő jármű, amellyel a baktériumok behatolnak a gyomorba) ideiglenesen 4-5 értékre emeli a pH-értéket.
Szükséges az idő faktor figyelembe vétele is, mivel minél alacsonyabb a pH-érték és annál kevesebb idő szükséges a teljes baktericid hatás eléréséhez, és fordítva. A 3, 5-nél nagyobb pH-értékek azonban nagyon alacsony baktericid hatásúak, míg a pH-érték 4 felett nulla baktericid hatást mutat.
A legújabb tudományos bizonyítékok azt mutatják, hogy a baktericid aktivitást - a gyomorsav mellett - a pepszin (a fehérje emésztésében részt vevő proteolitikus enzim) mellett is meghatározzák. Bizonyos antibiotikum-aktivitást bizonyos gyomornedvben jelen levő enzimek, például defenzinek és laktoferrin is befolyásolnak.
A mikrobiális fronton a különböző mikroorganizmusok túlélése a gyomornedvek baktericid hatásával szemben előnyös lehet az egyes élelmiszer-összetevőkkel való kapcsolat révén; például kimutatták, hogy a szalmonella virulenciája egyértelműen jobb, ha a táplálékcsatornába szennyezett fehérjetartalmú élelmiszerek (pl. tojás vagy hús) kerülnek be.
Nyilvánvaló, hogy a gyomor pH-ját csökkentő antacid hatóanyagok vagy protonpumpa inhibitorok alkalmazása elősegíti a baktériumok túlélését a gyomorban. Továbbá, mivel a bakteriális terhelés (lenyelt baktériumok száma) nő, a mikroorganizmusok túlélésének valószínűsége is megnő.
Figyelembe kell venni a toxinok és a spórák problémáját is. A toxinok olyan baktériumok vagy alkotórészeik által előállított anyagok, amelyek károsodást okozhatnak (élelmiszer-mérgezés) akkor is, ha a baktériumot gyomorsavval megölik. A spórák inkább olyan nyugalmi formák, amelyekben néhány baktérium visszavonul, ha a környezeti feltételek kedvezőtlenek, csak a körülmények megengedése után újraaktiválhatók; például a Clostridium difficile spórái meghaladják a gyomorsav sértetlenségét, majd csíráznak a gyomorban.
A baktériumokhoz képest a vírusok általában nagyobb eséllyel rendelkeznek a gyomor savas környezetének túlélésére. Nem meglepő, hogy a Norovirus (Norwalk vírus), a Rotavirus, az Astrovirus és az Adenovirus családba tartozó vírusok gyakran szerepet játszanak a fertőző hasmenés formák megjelenésében (vírusos gastroenteritis).
