Az úgynevezett putrefaktív bélflóra képes megemészteni a fehérjéket és a kis peptideket, amelyek megszűnt az emésztést és az enterális felszívódást.
Nem meglepő módon a fehérjék bomlási folyamata a lepárlás. Az sem az a tény, hogy a magas fehérjetartalmú étrend előnyben részesíti a túlnyomórészt bélflóra kialakulását.
A problémák abból adódnak, hogy a fehérjékből kiindulva ezek a baktériumok különböző anyagokat termelnek (aminok, ammónia, fenolok, indolok); ezek közül néhány (különösen az aminok) kellemetlen szagot (pl. putrescine és kadaverin) adnak, míg mások különösen toxikusak, ha nem is rákkeltőek.
Gondoljunk csak azon nitrozálási reakciókra, amelyekből rákkeltő kompozitok keletkezhetnek, mint például a nitrozo-aminok. Ez megmagyarázza, miért kapcsolódik a húsban gazdag és alacsony gyümölcs- és zöldségkoncentráció a vastagbélrák fokozott kockázatához.
