Állatokban a madárinfluenza tünetei mind a fertőzésben érintett vírus törzs, mind az érintett fajok tekintetében eltérnek. A madarak esetében különösen a fertőzés jóindulatú, ha az összes H-altípusba tartozó alacsony patogén vírus ( LPAI - alacsony patogenitású madárinfluenza ) okozza. A madárinfluenza-vírus által okozott betegség a légúti és enterális tünetek miatt lokalizálódik és jellemzi, gyakran a közönséges rossz közérzet, szakadás és reprodukciós rendellenességek miatt (pl. Tojásváltozások és csökkent tojásfektetés).
Ezzel szemben néhány H5 és H7 altípusba tartozó vírus törzs magas patogenitású madárinfluenzát ( HPAI - magas patogenitású madárinfluenza ) okozhat, amely mindig szisztémás és súlyos betegség, amely a vadon élő és a házi madarak egyes fajai közötti magas halálozáshoz vezet. A legnyilvánvalóbb tünetek az idegrendszerben, a fej érzékszervi, hátrafelé forgó és a szárnyak bénulásában szenvednek.
