A madárinfluenza által az illetékes egységek által megállapított egészségügyi ellenőrzés nemcsak az állathalálozásból eredő gazdasági hatásokhoz kapcsolódik, hanem a közegészségügy különös aggályait is felveti. A legtöbb aggodalomra okot adó szakértő az, hogy az új vírus altípusok képesek emberekben betegséget okozni, és mindenekelőtt személyről emberre továbbítani. Az „A” típusú influenzavírusok valójában a magas frekvenciájú genetikai átcsoportosítás jelenségei; ez jelentős kapacitást tesz lehetővé az új vendégek számára, és meghatározza az új vírus törzsek folyamatos megjelenését . Ezek a mutációk előfordulhatnak például abban az esetben, ha egy emberi vírus és egy madár vírus „cserél” genetikai örökségét, vagy ha a vírus áthalad egy állatfajból a másikba (különösen veszélyes a madarakról a sertésbe való átjutás). Ezért fennáll annak a lehetősége, hogy egy állat tartályból egy új vírus származhat, amelyre az ember hajlamos (mint például a múlt században, például az 1919-es A-H1N1 vírusból származó spanyol vagy az ázsiai A-H2N2, 1957).
Az emberközi transzmisszió lehetővé tenné a betegség globális terjedését, ezáltal madárinfluenza- járvány kialakulását . Jelenleg a legmagasabb pandémiás potenciállal rendelkező vírusok H5N1 és H7N9 maradnak, mivel továbbra is keringenek a csirkék között, és súlyos betegségeket okozhatnak az emberekben. Más vírus altípusok okozhatnak pandémiát, de a kockázat alacsonyabbnak tekinthető.
