A patogenezis egy betegség és az azzal összefüggő eseménylánc kialakulását vizsgálja, amely lépésről lépésre meghatározza az érintett szervekhez tartozó sejtek és szövetek morfofunkciós változásait. Ezeket a változásokat kémiai, fizikai vagy biológiai anyagok (vírusok, baktériumok stb.) Okozhatják.
Míg az etiológia meghatározza az okokat, a patogenezis vizsgálja annak következményeit.
Az orvosi szövegek olvasásakor tehát az alábbiak szerint találkozhatunk: mikrobiális patogenezis, gyulladásos patogenezis, vírus patogenezis, rosszindulatú patogenezis (a betegség hajlama, általában a tumor, hogy fokozatosan súlyosbodjon, hogy potenciálisan halálos legyen). Számos betegség felismeri a különböző ok-okozati tényezőket (multifaktorális etiológiát), és még ennél is többet különbözõ evolúciós mechanizmusok jellemeznek (több patogenezis).